Cuando el conquistador español Hernán Cortés llegó a Coyoacán, mandó construir la Iglesia de “la Conchita” sobre lo que era un centro ceremonial prehispánico y donde se celebró la primera misa en la región. Recientemente con las obras de rescate y mantenimiento al edificio, el Instituto Nacional de Antropología e Historia confirmó que había sido un altar tolteca.

A principios del siglo XVI, Coyoacán fue la residencia de Cortés, y en esta capilla dedicada a la Purísima Concepción de María se ofrecía misa todos los días.

Su construcción barroca data del siglo XVII, cuenta con una sola nave, una cúpula, dos campanarios, una sacristía anexa y una fachada de estilo plateresco con motivos florales y el atrio, que es una plaza que cuenta con jardines y caminos empedrados.